ภาวะภูมิแพ้ตัวเอง เป็นสาเหตุของระบบภูมิคุ้มกันในร่างกายไปทำให้เนื้อเยื่อปกติถูกการปฏิเสธ ภาวะนี้เช่น Lupus, Hashimoto’s,
การอักเสบของต่อมไทรอยด์ และข้ออักเสบรูมาตอยด์ อาจจะกระทบต่อการมีบุตร สาเหตุที่ภาวะนี้ทำให้มีบุตรยากยังไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด แต่อาจเกิดการอักเสบที่มดลูกและรก หรือยาที่รักษา ทั้งชายและหญิงที่มีภูมิต้านทาน (Antibody) จะทำลายอสุจิและอวัยวะสืบพันธุ์
